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用于评估空间转录组聚类的空间感知调整兰德指数

发布日期:2026-04-01点击: 发布人:统计与数学学院

报告题目:用于评估空间转录组聚类的空间感知调整兰德指数

主讲人:罗翔宇副教授(中国人民大学)

时间:2026年4月8日(周三)10:30 a.m.

形式:线上讲座

腾讯会议:650-347-338

主办单位:统计与数学学院


摘要:

空间转录组(spatial transcriptomics, ST)聚类在揭示组织的空间异质性方面发挥着关键作用。准确的ST聚类结果能够显著促进后续的生物学分析。近年来,随着多种 ST 聚类方法的提出,在基准研究中比较其聚类性能变得尤为重要。然而,广泛使用的评价指标——调整兰德指数(adjusted Rand index, ARI)完全忽略了ST数据中的空间信息,这使其无法充分评估空间转录组聚类方法的性能。我们提出了一种空间感知的兰德指数(spatially aware Rand index, spRI)及其调整版本spARI,将空间距离信息纳入评价指标中。具体而言,在比较两个聚类划分时,spRI 会对“不一致的样本对”赋予一个依赖于两者空间距离的权重,而传统的兰德指数则对其赋予零权重。该空间感知特性使得spRI能够根据样本对之间的距离自适应地区分不一致情况,从而提供一种更倾向于空间一致性的有效聚类评价指标。进一步地,通过对 spRI进行随机性校正,得到spARI,使其在适当的零假设模型下的期望为零。本文还讨论了spRI和spARI的统计性质。通过模拟研究以及两个空间转录组数据集的应用,结果表明,与ARI相比,spARI在评估ST聚类方法方面具有更优的实用性。


主讲人简介:

罗翔宇,中国人民大学统计与大数据研究院长聘副教授。研究方向为贝叶斯统计、生物信息学、统计计算,作为第一或通讯作者于JASA、AOS、Biometrics、Nature Communications等期刊上发表多篇论文,主持国家自然科学基金面上项目,是统计期刊Biometrics和Journal of Statistical Computation and Simulation的副主编。